哈利·波特十三岁了，今年将是他在霍格沃兹的第三个年头。今天是他的生日，不过，哈利收到了姨夫的一份糟糕透顶的生日礼物--玛格姨妈要来这里住上一个星期！这个女人每次出现在哈利面前都会给哈利带来不愉快的记忆。这次也不例外，她开始无休止的侮辱哈利已经故去的父母，忍无可忍的哈利终于让她成了一个飞向蓝天的人形气球……
怒气冲冲的哈利收拾好行李离开了姨夫的家，在黑暗中他看到了一只巨大的黑狗，但是在瞬间它就失去的踪影。正当哈利疑惑不解的时候，远处驶来了魔法部的爵士公车。就这样，哈利来到了伦敦。而哈利一直对魔法部为什么没有因为他对麻瓜乱施魔法而惩罚他感到疑惑，但他渐渐明白了事情的原委。阿兹卡班的监狱中逃出了被传为万恶不赦的小天狼星布莱克，据说布莱克是伏地魔最为得力的助手，用一条咒语杀死了13个人，而他逃出阿兹卡班的原因就是要寻找哈利·波特，阿兹卡班监狱已经派出了摄魂魔来追捕小天狼星。
不过事情并不像风传中的那样简单，小天狼星本是哈利父母的好朋友和哈利的教父。哈利得知自己的父母是因为小天狼星的出卖而被伏地魔杀害的之后，决定找到小天狼星并与之决斗。一场恶战迫在眉睫，究竟小天狼星是不是传闻中无恶不作的凶徒？哈利又会面对什么样的未来？等到影片上映时就是一切谜团破解之时。